內鏡室是重慶地區規模較大的規范化消化內鏡中心。中心位于2號樓9樓，占地1500平方米，設有候診大廳、4個胃鏡診療室、2個腸鏡診療室、超聲內鏡診療室、經十二指腸鏡逆行胰膽管造影室、膠囊內鏡室、消化實驗室、無痛內鏡診療區以及現代化的內鏡清洗消毒間等。 中心采用病人、醫護人員和醫療廢物三通道設計，內鏡清洗消毒采用整體化、智能化內鏡清洗消毒系統和全自動內鏡清洗機，清洗消毒全過程嚴格按照衛計委頒布的內鏡清洗消毒規范執行，有效杜絕了消化內鏡診療操作的交叉感染，確保醫療安全。 中心擁有進口扇掃超聲內鏡系統、激光胃腸鏡、電子高清胃腸鏡、十二指腸鏡等一批高端醫療設備，中心除能開展各種常規的內鏡檢查外，還開展了無痛內鏡檢查以及多種先進的特殊內鏡診斷，如膠囊內鏡、電子染色內鏡、超聲內鏡診斷等。中心還開展了各種內鏡下微創治療，如消化道止血治療，息肉、粘膜下腫瘤的切除；消化道早癌的微創治療，如內鏡下粘膜切除術；食道、胃內異物取出術；消化道狹窄的擴張或支架置入治療；胃腸內營養管的置放；十二指腸鏡下治療；各種膽胰疾病的內鏡介入治療，如內鏡下膽總管結石取出術、鼻膽管引流術、膽總管支架置入引流術、胰管支架置入引流術等；超聲內鏡下診療：如超聲內鏡引導下細針穿刺術、超聲內鏡引導下注射治療術、食管靜脈曲張套扎術等。